สืบเนื่องจากสถานการณ์ก่อความไม่สงบในพื้นที่ จังหวัดชายแดนภาคใต้ ได้มีความรุนแรงเพิ่มมาขึ้นนับตั้งแต่วันที่ มกราคม พ.ศ.2547 เป็นต้นมา สำนักงานตำรวจแห่งชาติ ได้จัดส่งกำลังพลจากหน่วยงานทั้งในส่วนภูมิภาค และส่วนกลางเข้าไปปฏิบัติงานในพื้นที่ ในลักษณะการบูรณาการ เพื่อให้สามารถแก้ไขปัญหาและยุติสถานการณ์ให้ได้โดยเร็วที่สุด สำนักงานตำรวจแห่งชาติได้มีคำสั่งที่ 590/2547 ลงวันที่ 10 กันยายน พ.ศ.2547 จัดตั้งศูนย์ปฏิบัติการสำนักงานตำรวจแห่งชาติส่วนหน้าขึ้น โดยใช้ชื่อย่อว่า "ศปก.ตร.สน" ทำหน้าที่เป็นศูนย์อำนวยการควบคุมสั่งการของตำรวจทุกหน่วย มีสถานที่ตั้ง ศูนย์ฝึกอบรมตำรวจภูธรภาค ตำบลสะเตง อำเภอเมือง จังหวัดยะลา โดยในขณะนั้น พลตำรวจเอกบุญเพ็ญ บำเพ็ญบุญ รองผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ และพลตำรวจโทวงกต มณีรินทร์ ผู้ช่วยผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ เป็นผู้บังคับบัญชาประจำศูนย์ฯ เปิดทำการเมื่อวันที่ 13 กันยาน พ.ศ.2547 เวลา 14.00 น. โดยมีผู้บังคับบัญชา ดังนี้

 1

พลตำรวจโท วงกต มณีรินทร์
ผู้ช่วย ผบ.ตร.

ปฏิบัติหน้าที่ 13 กันยายน 2547 - 13 กุมภาพันธ์ 2548
 2
พลตำรวจโท ไพศาล ตั้งใจตรง
ผู้ช่วย ผบ.ตร.
ปฏิบัติหน้าที่ 14 กุมภาพันธ์ 2548 - 31 พฤษภาคม 2548
 3
พลตำรวจโท อดุลย์ แสงสิงแก้ว  
ผบช.ภ.9

ปฏิบัติหน้าที่ 1 มิถุนายน 2548 - 30 กันยายน 2548

และตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2549 - 25 กุมภาพันธ์ 2550

 4
พลตำรวจโท เจตนากร นภีตะภัฎ
ผบช.ภ.9
ปฎิบัติหน้าที่ 26 กุมภาพันธ์ 2550 - 30 กันยายน 2550
 5
พลตำรวจโท อดุลย์ แสงสิงแก้ว  
ผู้ช่วย ผบ.ตร.
ปฏิบัติหน้าที่ 5 ตุลาคม 2550 - 28 กุมภาพันธ์ 2552
 6
พลตำรวจโท พีระ พุ่มพิเชฏฐ์
ผบช.ศชต.
ปฏิบัติหน้าที่ 1 มีนาคม 2552 - 30 กันยายน 2553
 7
พลตำรวจโท ไพฑูรย์  ชูชัยยะ  
ผบช.ศชต.
ปฏิบัติหน้าที่ 1 ตุลาคม 2553 - 30 กันยายน 2556
 8
พลตำรวจโท ยงยุทธ เจริญวานิช  
ผบช.ศชต.
ปฏิบัติหน้าที่ 1 ตุลาคม 2556 - 30 กันยายน 2557
 9
พลตำรวจโท อนุรุต กฤษณะการะเกตุ  
ผบช.ศชต. 
ปฏิบัติหน้าที่ 1 ตุลาคม 2557 - 30 กันยายน 2558
 10
พลตำรวจโท เฉลิมพันธุ์ อจลบุญ    
ผบช.ศชต.
ปฏิบัติหน้าที่ 1 ตุลาคม 2558 - 30 กันยายน 2559
 1 พลตำรวจโท รณศิลป์ ภู่สาระ
ผบช.ศชต.
ปฏิบัติหน้าที่ 1 ตุลาคม 2559 - ปัจจุบัน

                   ต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2551 จัดตั้ง "ศูนย์ปฏิบัติการตำรวจจังหวัดชายแดนภาคใต้" และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการเป็นกองบังคับการหรือส่วนราชการที่เรียกชื่ออย่างอื่นในสำนักงานตำรวจแห่งชาติ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2551 จัดตั้งส่วนราชการ ระดับกองบังคับการในสังกัด "ศูนย์ปฏิบัติการตำรวจจังหวัดชายแดนภาคใต้" โดยมีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2552